1) Der saubere Weg wäre wohl über /etc/mod???? etwas zu ändern.
Das modul-handling war noch nie ganz leicht, und bei mir sind - wohl aus Kompatibilitätsgründen zum alten Kernel nun sowohl die alten Konfigurationsfiles, als auch die neuen vorhanden, was die Sache zusätzlich verkompliziert.

Da Du aber dreimal fragst scheint es dringend zu sein
Solange niemand den sauberen Weg erklärt, hier ein komplizierter, und ein dreckiger:

a) In /etc/init.d ein script erzeugen, was die Kommandos zum entladen enthält.
Code:
rmmod dies
rmmod das
und als stefnosound oder sonstwie wiederfindbar speichern.
Code:
chmod a+x stefnosound
um's ausführbar zu machen.
Dann für Deinen runlevel - wahrscheinlich 5, einen Link setzen:
ln -s /etc/init.d/stefnosound /etc/rc.d/rc5.d/S66stefnosound
Vorher nachsehen, ob 66 nicht schon benutzt wird.
Die Nummer sollte größer sein, als die des größten Modulverdächtigen, und kleiner als die eines xdm oder kdm oder sonstigen desktop-management-Befehls.

b) in /lib/modules/2.6.x.y/.../MODUL.ko entfernen, lieber aber irgendwohin sichern.
Wenn das Modul weg ist, kann er's nicht laden.

c) man modul*

2.) Besser ist es, mehrere Threads für unterschiedliche Probleme zu starten.
a) landen sie dann im richtigen Bereich (Netzwerk z.B.), und b) haben Threads die Eigenschaft, sich zu focussieren, d.h. wenn wenn 3 Antworten zum ersten Problem kommen fällt das 2. leicht unter den Tisch.

Sind Deine Einstellungen nicht unter /etc/ppp/... gespeichert? Werden die immer überschrieben? (Was sagt das Datum?)

3.) In /etc/X11/XF86Config-4 werden üblicherweise die Einstellungen gespeichert.
Falls 3.4 die Daten akkurat gesetzt hat, würde ich dessen Datei kopieren, und (nach sichern der 3.6er Datei) diese durch die 3.4er ersetzen.
Und vor jeder Änderung ein Backup der Datei machen.